3.4. ¿Deben registrarse las operaciones no sujetas a IVA y las sujetas pero exentas? ¿Cómo?

Sí. Existiendo obligación de expedir factura, (artículos 2 y 3 RD1619/2012 que regula las obligaciones de facturación) ésta debe registrarse.
Tratándose de una operación no sujeta, se consignará dentro del bloque funcional “Desglose Factura” en uno de los siguientes campos en función del motivo de la no sujeción:

• Importe no sujeto artículo 7, 14, otros.
• Importe no sujeto por reglas de localización.

Tratándose de una operación exenta, se consignará dentro del bloque “Desglose Factura” como “Sujeta” y “Exenta”, indicando la base imponible y la causa de exención utilizando las siguientes claves:

“E1: exenta por el artículo 20”
“E2: exenta por el artículo 21”
“E3: exenta por el artículo 22”
“E4: exenta por los artículos 23 y 24”
“E5: exenta por el artículo 25”
“E6: exenta por otros”

Si no se dispone de esta información bastará con indicar que se trata de una operación exenta.

Fuente: Agencia Tributaria