2.8. ¿Cómo registra el emisor una factura rectificativa por sustitución “S”?

La información de la factura se remitirá indicando “Tipo de Comunicación: A0” y tipo de factura con las claves “R1”, “R2”, “R3” y “R4”. En el caso de que se rectifique una factura simplificada la clave será “R5”.
Cuando la rectificación se haga por “sustitución” se deberá informar de la rectificación efectuada señalando igualmente el importe de dicha rectificación. Esta información se podrá realizar:
– Opción 1: Informando de un nuevo registro en el que se indiquen los importes correctos tras la rectificación en los campos “base imponible”, “cuota” y en su caso “recargo” y a su vez de los importes rectificados respecto de la factura original en los campos “base rectificada”, “cuota rectificada” y en su caso “recargo rectificado”.
– Opción 2: Informando de un nuevo registro en el que se indiquen los importes correctos tras la rectificación en los campos “base imponible”, “cuota” y en su caso “recargo” y de otro registro en el que se informe de los importes  rectificados.

La identificación de la relación de facturas rectificadas será opcional.
Ejemplo: La factura nº1 de base imponible 1.000 € y cuota 210 € va a ser objeto de rectificación.
– Opción 1: La modificación por sustitución supondría emitir una factura rectificativa con base imponible de 800 € y cuota 168, en la que se indicará que la rectificación realizada es de 1000 € por la base imponible rectificada y 210 € por la cuota rectificada.
Los campos y claves a consignar en el Libro registro de Facturas Expedidas son:
Tipo Comunicación: A0
Tipo Factura: Rx
Tipo Rectificativa: S
Importe Rectificación: se informará de dos campos  adicionales con “la base rectificada” (1.000) y la “cuota rectificada” (210), con independencia de su signo.
Importe total: se indicará el importe final válido 968.
Desglose IVA: base imponible: 800, cuota repercutida 168.
– Opción 2: La modificación por sustitución supondría emitir una factura con base imponible de -1000 € y una factura rectificativa en la que se indicará que la base imponible es de 800 €.
En la primera factura los campos y claves a consignar en el Libro registro de Facturas Expedidas son:
Tipo Comunicación: A0
Tipo Factura: F1
Desglose IVA: se indicará el importe que se rectifica (base imponible: (-1.000),
cuota repercutida (-210).
En la segunda de las facturas rectificativas los campos y claves a consignar en el Libro registro de Facturas Expedidas son:
Tipo Comunicación: A0
Tipo Factura: Rx
Tipo Rectificativa: S
Importe Rectificación: se informará de dos campos  adicionales con “la base rectificada” 0 y la “cuota rectificada” 0.
Importe total: se indicará el importe final válido 968
Desglose IVA: base imponible: 800, cuota repercutida 168.
En el caso del receptor de la factura, ver FAQ 4.16.

Fuente: Agencia Tributaria